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被稱為『七日之火』的大戢爭，把巨大的文明產業完全毀壞．千年後地球被腐海(Wasteland)(Sea of Corruption)(Fungi)覆滅。森林中，繁殖著可以放出有毒瘴氣的巨型菌類，而且有巨大的蟲在那裏活動。腐海的附近，有一個名為風之谷(The Valley of the Wind)的小王國，因為有海風保護，不受瘴氣的侵擾。族長基爾(Jiru)的女兒娜烏西卡(Nausicaa)一天從腐海採集胞子回來時，救了被王蟲(Ohmu) (Kings of the giant insects)襲擊的族人，他就是 娜烏西卡 的師傅: 腐海第一劍客猶巴(Yupa)。猶巴為了揭開 腐海之謎，花了半生精力巡迴各地，這天剛好是他闊別 風之谷年半後歸來之日。
翌日天還 未亮，多魯美奇亞(Kingdom of Torumekia)的大型輸送船墜落在 風之谷。娜烏西卡把該船瀕臨死亡的少女從殘骸中救出，這少女是培吉特市(Pejite)的公主拉絲黛(Lastelle)，臨死前她說：『把貨物燒掉』。那件貨物便是在七日之火中焚燒世界的機械人: 巨神兵(God Warrior)．多魯美奇亞軍搶奪了工業都市培吉特市所發掘的厲害武器"巨神兵"，在運送回國途中，運輸飛船墜落在 風之谷。多魯美奇亞軍佔領了風之谷，展開令 巨神兵復活的工作．雖然俘虜了他們的司令官: 多魯美奇亞烏王的四公主庫夏娜(Kushana)。娜烏西卡他們去培吉特市，但培吉特市飛船卻被攻擊。
娜烏西卡好不容易逃走，降落在腐海時，遇見了王蟲，娜烏西卡告訴王蟲他們並無敵意，王蟲就用觸毛把娜烏西卡包圍，與她心意相通．然後，娜烏西卡乘著海鷗號，向著拯救阿斯貝魯(Asbel)的方向飛去。墜落在風之谷的達瑪古拉輸送船，載著在培吉特市發掘來的巨神兵．多魯美奇亞軍佔領了風之谷，開始進行使巨神兵復活的行動。娜烏西卡與阿斯貝魯知道了腐海的底部充滿清潔的空氣，原來腐海是為了使受污染了的大地復甦而生成的。
在風之谷，多魯美奇亞軍和谷中人民間的戢鬥開始了，被戰車追趕的人們據守在 酸湖(Acid Sea)旁的廢船中。培吉特市為取回巨神兵，引領 王蟲進侵風之谷．娜烏西卡得到阿斯貝魯他們的幫助，從被多魯美奇亞軍軍襲擊的培吉特市飛船，坐 海鷗號逃出，但卻被多魯美奇亞軍追捕。培吉特市的餘黨利用幼王虫誘引王蟲群攻擊駐紮在風之谷的庫夏娜，娜烏西卡企圖挽救幼王虫，制止無數的王蟲狂奔，形成大海嘯(Daikaisho)(Big Tidal Wave)． 另一方面，庫夏娜欲利用巨神兵燒盡腐海，但導至初生的巨神兵虛弱至死。當一切陷入絕望時，娜烏西卡擋在王蟲群前。雖然被撞至重傷，卻感動了各人，平息了王蟲群的怒火．最後，王蟲群治好了娜烏西卡的傷勢．多魯美奇亞軍及王蟲群亦撤出風之谷 。 | 
