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在无限夸大秦始皇的历史地位的同时，历史学家们又常常无情抹杀秦始皇性格和能力中光辉的一面。在大部分读者眼里，秦始皇的性格只有一面：他刚狠暴戾，野蛮冲动，深刻猜忌，冷血无情，咄咄逼人。《史记》中的一段话千百年来不断被人引用：“始皇之为人，刚戾自用。兼并天下之后，志得意满，以为自古及今，无人可比。他治理天下，专门倚用狱吏，只有狱吏得到他的信任。虽然设置了七十名博士，只是做做样子，备而不用。丞相以下诸大臣，都是唯唯承命，一切都决策于上。皇帝喜欢用严刑峻法来杀人立威，天下人于是谨小慎微，明哲保身而已，不敢尽忠竭智。”《史记》中的另一个小故事也经常被人提起：始皇帝幸临梁山宫，向山下一望，见丞相李斯车骑太众，甚为不满。太监把此事告诉李斯，李斯惶恐不已。下一次皇帝出行，李斯大幅度地减少了随从，皇帝见而大怒，说，一定是有人给李斯传递消息！于是审问亲从，无人承认，遂把当日在身边服侍的众人一起杀掉。这些记载在人们心中形成了这样一个印象：秦始皇是一个没有人情味的野蛮动物，自始至终，他都在用鞭子和刀剑在统治他的臣民，用权术和阴谋制御大臣。秦王朝的君臣关系完全是建立在暴力和算计的基础之上，是猫和老鼠的关系，没有一丝人情味儿。
其实，只要认真读一遍《始皇本纪》，我们就会发现，秦始皇时代的君臣关系，可以说是两千年来最好的时期之一。秦始皇用人的眼光、气度和手段，只有唐太宗可比，而远过于汉唐宋明其他君主。
首先，从君臣关系的稳定性和亲密性上来说，秦始皇高人一筹。兔死狗烹被认为是专制政治下不可改变的政治规律，而这个规律并非秦始皇创立。在统一全国，马放南山之后，秦始皇没有像刘邦和朱元璋那样大开杀戒，甚至也没有像宋太祖那样玩什么杯酒释兵权的花招。他对那些功臣宿将，继续任以腹心。秦始皇政治生涯中唯一杀戮的重臣是吕不韦。除此之外，秦始皇与其他重要政治人物比如李斯、王翦、蒙恬等著名将相都善始善终，关系相当融洽亲密。秦始皇与李斯君臣三十年，有始有终，最为典型。李斯诸女皆嫁始皇诸子，诸子皆尚公主。秦始皇对李斯用人不疑，李斯也鞠躬尽瘁。刘备与诸葛亮的君臣际遇也不过如此。“能使才智过人而又心术不正的李斯尽忠竭智数十年，且功勋卓著，可见始皇帝驾驭大臣的能力非同寻常。”比一比汉武帝如何走马灯式地换相，如何不断诛杀宰辅公卿，就可以明白秦始皇的过人之处。在历代王朝中，秦始皇时代政治核心层的稳定性可以说是最高的。（张分田《秦始皇传》）
其次，秦始皇用人的眼光、胆识和手段都非同寻常。秦始皇用人求贤若渴，不拘一格。他与人相处，能屈能伸，有时候可以表现出相当浓的人情味儿。为了争取到尉缭，秦始皇不惜以帝王之尊，“与之抗礼”，“衣服饮食与之同。”（《史记·秦始皇本纪》） 虽然尉缭对秦始皇的为人屡有微辞，始皇帝也充耳不闻，继续大力笼络，其用人的胸襟气魄，远远超出一般庸主之上。郑国是敌国间细，潜入被秦国被发现后，秦始皇不但没有诛杀，反而予以重用，让他主持完成了著名水利工程郑国渠，大大增强了秦国的经济实力。荆轲刺秦时的助手高渐离在荆轲失败了流亡民间，秦始皇爱惜他的音乐才华，“重赦之”，命他为宫廷乐师。如果高渐离不再次刺杀他，始皇帝是不会杀他的。秦始皇还能知错就改，从不文过饰非。在发出逐客令后，经李斯提醒，他能立即收回成命，并且因此对李斯另眼相看，予以重用。
秦始皇用人的最大特点是能放手。他用人不疑，只考察结果，不干预过程，给手下的那些将军们以极大自主权。他将二十万大军交于李信，将六十万大军交于王翦，将三十万大军交于蒙恬，并没有设置各种限制他们权力的障碍，也不干预他们的作战过程。李信年轻气盛，率二十万大军攻楚，为楚所败。但秦始皇并没有追究他的责任，而是继续信任他，使他与王贲一起攻燕，让他有机会立下了俘虏燕王的功绩。
除了用人能力之外，秦始皇的自制能力同样突出。他是一个众所周知的工作狂，只以工作为乐，“以衡石量书,日夜有呈,不中呈不得休息”，每天不批阅完一百二十斤竹简绝不休息。他自律极严，为人行政处处守法，“不别亲疏，不殊贵贱，一断于法”，“事皆决于法”（《史记·秦始皇本纪》）。他坚持有功才能封爵的商鞅原则，就连自己的皇子皇孙也不例外，直到临终时，仍然“无诏封诸子”。与严待自己亲人一样，他也极少任情越法，任意处理下民。章太炎针对这一点说：“世以秦皇为严，而不妄诛一吏也。”正是因为“庆赏不遗匹夫，诛罚不避肺腑”，“明断自天启，大略驾群才”，所以秦始皇才能高速、高效地完成了统一全国的大业，并且开创了一系列惊人的治绩。