在這個世界，曾經有過相當高科技的巨大文明，卻因「火之七日」的 全面性毀滅戰爭後已消逝無蹤影，在這一千年後，人類曾經征服的自然， 早已是腐海菌森林與昆蟲的世界。大地充斥著會蝕人類肉體毒素的腐海， 此外就是廣大不毛的荒漠與零星的綠洲農地。此時人類雖未滅亡，而文明 卻已衰退成陶器文明的水準，人類深受腐海毒素的侵蝕，要戴著面罩才能在 腐海生存，並且資源匱乏，人口逐年下降。但人類的野心卻仍未消失，侵略 戰爭連年不斷，人類就在這艱困的環境下宛如風中殘燭的生存著。

　　人們在腐海的周圍僅存的土地上，成立了許多小國家，風之谷就是其 中之一。在腐海周圍之外，這些小國家被人類的兩大勢力所掌控著，就是 軍事國家「多魯美奇亞」與「土鬼帝國」。這兩大勢力長期處於緊張狀態 ，故事就從同屬腐海周圍的小國「培吉特市」被多魯美奇亞王國強行侵略 開始....

　　由腐海遠方來了一艘乘著人的噴射滑翔翼，降落在腐海中。乘著滑翔翼的 女孩子是風之谷的公主娜烏西卡，她進入了腐海收集腐海植物的孢子時發 覺了王蟲的脫殼，而王蟲卻被某人給激怒衝出腐海外，娜烏西卡用神奇的 光彈與蟲笛安撫了王蟲也救了那個人，原來他是娜烏西卡的老師─尤巴。
　　回到風之谷後，娜烏西卡在試飛砲艇時，感受到恨意，才發覺了一艘培吉 特的難民運輸船遭受到蟲群的攻擊，雖然試圖努力挽救，但船依然墜落在 腐海中全毀。但船中的培吉特的公主拉絲黛兒，在臨死前交給娜烏西卡一 顆密石，這顆密石就是一千年前毀滅世界的巨神兵的部份零件。而後多魯 美奇亞的公主庫夏娜，率領軍隊為了找尋這顆密石，大膽入侵風之谷，並 與風之谷的人們發生衝突，雖經由尤巴的調停而一時平息，但為了遵守盟 約，娜烏西卡不得不代表風之谷加入多魯美奇亞的軍隊參與戰爭。
　　在出征前娜烏西卡把多年來對腐海的秘密跟尤巴述說，她發覺腐海的植物 並非有毒，而是土壤的毒素讓腐海植物有了毒性。尤巴此時才了悟：「他 花一生時間去瞭解的腐海之謎，關鍵就是在此」。因此也決定再回腐海去 追尋，但他內心瞭解這次將會是由娜烏西卡帶領他進入腐海的奧秘。
　　以庫夏娜所率領的軍隊，依照盟約集結腐海周圍的小國，準備南進腐 海到主戰場，娜烏西卡也參與其中。此時突然培吉特的生還者阿斯貝魯以 奇襲方式復仇攻擊，使庫夏娜軍隊遭受嚴重打擊，不得不迫降於腐海中。 此時娜烏西卡在腐海中感受到了蟲群的恨意，瞭解到阿斯貝魯身處危機， 決定去解救他，但也與同伴米特等分散。

　　原來阿斯貝魯墜落在腐海中，且殺了不少蟲，引起腐海整體的防衛攻 擊，在他快被蟲群吃掉時，娜烏西卡以噴射滑翔翼由半空中救了他，滑翔 翼雖飛快如鳥，但在兩人的體重下，無法輕鬆操縱險象環生，終於一疏忽 撞上迎面而來的王蟲。兩人正當危急時，王蟲卻因接觸了娜烏西卡的心靈 而原諒了阿斯貝魯，解救了這危機，並在離去時傳達了南方森林將有重大 異變而要去解救。
　　兩人落入腐海的底部，卻發覺沒有面罩依然能活著，腐海底部竟然是 乾淨無毒素的空間，娜烏西卡才證實了腐海植物其實是要淨化使大地受創 傷的污染。
　　為了讓兩人脫困，勉強飛出腐海，但卻被路過的土鬼船艦所俘虜。