The Matrix将超现实主义注入主流文化，事实、虚构、原理和表象并不简单地以“真实”为基础，因为“真实”只不过是看起来真实而已。在梦里，梦是真实的 ？？直到你醒来。在Matrix中，Matrix是真实的？？直到你醒来。但如果你永远也不会醒来呢？类似这些问题正是Larry希望电影产生的，他的确成功了。
Oracle在第二集出场是整套电影的一个关键点，Ken Wilber认为Neo与Oracle对话的几分钟能区分出真正了解这部电影跟无法了解电影主旨的观众，观众若不能跟上电影的步伐，就会在这里迷失。从这里开始，机器世界变得更为复杂更为深奥，帮助人类的Oracle本身就是来自机器世界的程序，再也不能简单地用二元论来看待机器世界，它代表了我们还不了解的某种灵魂形式，即使是天使（Seraph），也是从机器世界中来的。Oracle对Neo说：“The only way to get there is together”，因此，从这里开始，电影的主旨进一步呈现：机器和人类都在同一条船上，“我们都在一起”，他们要么一起被解放，要么全部无法被解放。 “这个场景远比之前的场景复杂深远得多，”Ken说，“如果我对Wachoski兄弟的处理方式有所批评的话，那就是这里一下出现这么多的资讯，很多人都无法跟上”。这么多的资讯一下都丢给了观众，你不禁会问，Oracle身为机器世界的程序，她到底拥有多少自由意志和选择的权力？
对于Smith不断复制自己的做法，Ken认为这是导演半开玩笑的一种处理方式。Smith 在第一集中说他不喜欢人类的原因之一，就是因为他们象病毒般不断地繁殖，而在他自己进化的过程中，他变得越来越象人类，也象病毒般地不断繁殖，这真是一个讽刺。Neo与重生的Smith见面，这个时候他们都陷入迷惑之中，Smith说“You destroyed me，you set me free”，同时又说“We''re here because we''re not free”，他们二人之间的复杂关系，他们之间的相互解放是三部曲中最复杂的部分之一。
影片一开始另人眼花缭乱的混沌图形变换到Mega City，他们解释说这表现了宇宙大爆炸到Matrix的过程，这也是导演兄弟想要在影片开头表现的东西，对这套宇宙大爆炸的理论，Larry Wachoski与Ken Wilber进行过更为详尽的讨论，你可以在他们的“The Many Meaning of The Matrix”( 英文原文 / 我翻译的中文 )中读到。Ken Wilber说在这一集中，Zion、Matrix和Machine三个世界在持续且非常快速地变化和演进，Neo随着对Matrix的更新的了解，他逐渐知道自己什么能做，什么不能做，在每一次战斗中所学到的教训都使他得以适应这个在逐渐改变的世界。三个世界依然是分裂的，依然在互相攻击，Neo要成为 The One，就得找到新的方法让大家团结在一起。两位哲学家表达了对Wachoski兄弟的敬意，认为这需要很高的智慧与热情的投入才能达到这种程度，这不只是一部没有思想的单纯的科幻动作片。Ken认为那些批评者说“这些都是拼凑的瞎掰的”只是反射性地做攻击，如果他们能以智慧的角度来看，那么能更了解第二、三集在说些什么。他批评说大多数的影评人都“太懒”了。